Στα γραφεία της ΕΠΟ διεξήχθη η κλήρωση του Κυπέλλου Ελλάδας με τις ομάδες της Super League να μπαίνουν μόνες στη διαδικασία, καθώς εκτός έμειναν αυτές της Super League 2.
Όπως προέκυψε ο Παναθηναϊκός και η Λαμία προκρίθηκαν απευθείας στους «8», ενώ τα ζευγάρια που κληρώθηκαν είναι τα εξής:
ΠΑΟΚ – Λάρισα
Βόλος – ΟΦΗ
ΠΑΣ Γιάννινα – Ατρόμητος
Άρης – Αστέρας Τρίπολης
ΑΕΚ – Απόλλων Σμύρνης
Παναιτωλικός – Ολυμπιακός
Οι πρώτοι αγώνες θα γίνουν 19-20-21 Ιανουαρίου και οι επαναληπτικοί στις 2-3-4 Φεβρουαρίου.
Η ΕΠΟ αποφάσισε την τελευταία στιγμή η κλήρωση να γίνει μόνο με τις 14 ομάδες της Super League 1, παρότι η αρμόδια Επιτροπή των λοιμωξιολόγων εισηγήθηκε κατ΄ αρχήν τη συμμετοχή και ομάδων της Super League 2. Η ΕΠΟ όμως έκρινε ότι δεν καλύπτεται απ’ την απόφαση και η κλήρωση έγινε μόνο με ομάδες της SL1.
Η ανακοίνωση της Εκτελεστικής Επιτροπής της ΕΠΟ για την απόφαση με συμμετοχής στην κλήρωση ομάδων της SL2:
«Η διοργάνωση του Κυπέλλου Ελλάδος αγωνιστικής περιόδου 2020-21 θα συνεχιστεί με τη συμμετοχή μόνον των ΠΑΕ της Super League 1, καθώς με σημερινή επιστολή της η Εθνική Επιτροπή Προστασίας της Δημόσιας Υγείας έναντι του κορωνοϊού COVID-19 γνωστοποίησε στην ΕΠΟ ότι «αναφορικά με τη συμμετοχή ομάδων της Super League 2 στη διεξαγωγή του Κυπέλλου Ελλάδος, τα μέλη θα επανέλθουν εντός δεκαημέρου προκειμένου να εισηγηθούν επί του θέματος λαμβάνοντας υπόψη τα νεότερα επιδημιολογικά δεδομένα. H απόφαση της Επιτροπής καθιστά πρακτικά αδύνατο τον περαιτέρω προγραμματισμό, αλλά και την ομαλή διεξαγωγή της διοργάνωσης, κατόπιν τούτου η συμμετοχή μόνον των ΠΑΕ της Super League 1 αποτελεί μοναδική δυνατότητα για τη φετινή διοργάνωση του Κυπέλλου Ελλάδος. Για τους αγώνες του Κυπέλλου Ελλάδος θα τηρηθεί το εγκεκριμένο υγειονομικό πρωτόκολλο των αγώνων της Super League 1».