Ο Φρανσίσκο Μολίνα ανέλαβε χρέη αθλητικού διευθυντή της εθνικής Ισπανίας, ρόλο που κατείχε ο Φερνάντο Ιέρο πριν οριστεί υπηρεσιακός προπονητής της «ρόχα».
Ο 47χρονος παλαίμαχος τερματοφύλακας αγωνίστηκε ως παίκτης σε Βαλένθια, Βιγιαρεάλ, Ατλέτικο Μαδρίτης, Λα Κορούνια και Λεβάντε. Ακολούθως έκανε προπονητική καριέρα, περνώντας για λίγο από τον πάγκο της Βιγιαρεάλ.