Ανοίγουν όλοι οι φάκελοι των εξοπλιστικών προγραμμάτων από το 1996 έως το 2010. Σύμφωνα με έγγραφα του ΣΔΟΕ στο πλαίσιο της αλληλογραφίας του με την αρμόδια επιτροπή της Βουλής, μπαίνουν στο μικροσκόπιο όλες οι υποθέσεις που αφορούν το Υπουργείο Άμυνας μεταξύ των οποίων έξι διαφορετικοί φάκελοι επί υπουργίας, Γιάννου Παπαντωνίου.
Οι φάκελοι αυτοί έχουν να κάνουν με την προμήθεια αρμάτων μάχης τύπου Leopard, συστήματος αυτοπροστασίας των μαχητικών F-16, συστήματα ηλεκτρονικού πολέμου, την προμήθεια φρεγατών, αλλά και την παραγγελία μαχητικών ελικοπτέρων Apache καθώς και εκείνων τύπου NH 90.
Πρόκειται για τα μείζονα εξοπλιστικά προγράμματα της περιόδου, οπότε ήταν υπουργός Άμυνας ο Γιάννος Παπαντωνίου.
Το άνοιγμα των φακέλων αυτών δεν σχετίζεται άμεσα με την πρόσφατη ένδειξη, σύμφωνα με την οποία η σύζυγος του Γιάννου Παπαντωνίου, Σταυρούλα Κουράκου, διαθέτει λογαριασμό στο υποκατάστημα της HSBC στη Γενεύη (λίστα Λαγκάρντ). Το επιπλέον αυτό στοιχείο απλώς επιβαρύνει την γενικότερη υπόθεση που ακούει στο όνομα… Γιάννος Παπαντωνίου.
Πιο συγκεκριμένα, η σύμβαση για την προμήθεια των μαχητικών ελικοπτέρων Apache, ύψους 
660.000.000 εκατ. δολαρίων υπεγράφη το 2003, επί Γιάννου Παπαντωνίου με χρηματοδότηση μέσω swap από την Deutsche bank, ενέργεια που ανέβασε το κόστος κατά 70 εκατ. δολάρια. Πρόκειται για 12 ελικόπτερα, η αγορά των οποίων ολοκληρώθηκε το 2007.
Η έρευνα η οποία διεξάγεται αφορά τα επιπλέον 70 εκατ. δολάρια που κόστισε η προμήθεια και η κατανομή τους σε τραπεζικούς λογαριασμούς. Κενά όμως εμφανίζονται στην προμήθεια των μεταφορικών ελικοπτέρων NH 90, η οποία και καθυστέρησε υπερβολικά αλλά και διευθετήθηκε με τον ίδιο τρόπο δηλαδή μέσω swap.
Το 2005, ξεκινά η προκαταρκτική έρευνα της Δικαιοσύνης, για τη σύμβαση εκσυγχρονισμού έξι φρεγατών, η οποία ανετέθη στα ναυπηγεία Σκαραμαγκά και στην οποία εμπλέκεται η γαλλική εταιρεία «Τhales». Λίγο αργότερα, αρχίζει έρευνα το τμήμα Οικονομικού Εγκλήματος της εισαγγελίας Πρωτοδικών Αθηνών, μετά από δημοσιεύματα τεσσάρων γαλλικών εφημερίδων.
Οι εφημερίδες αυτές είναι η Le Monde, η Figaro, η Liberation, η L’ Umanite. Σύμφωνα με τον Τύπο, το πρώην στέλεχος της εταιρείας «Τhales», Μισέλ Ζοσεράν, κατήγγειλε χρηματισμό Έλληνα υπουργού κατά την περίοδο 2002-2003. Κατά τον Ζοσεράν, η γαλλική εταιρεία έδινε το 2-3% του τζίρου της σε προμήθειες. Τελικά το έργο του εκσυγχρονισμού των φρεγατών υπεγράφη το 2003, επί Παπαντωνίου και το 2008, την υπόθεση ανέλαβε η ευρωπαϊκή υπηρεσία καταπολέμησης απάτης, η γνωστή OLAF.
Τον Μάρτιο του 2012 ανοίγει ξανά ο φάκελος για την προμήθεια αρμάτων μάχης Leopard-2 συνολικού ύψους 2,2 δισεκατομμυρίων ευρώ που είναι ένα από τα μεγαλύτερα εξοπλιστικά προγράμματα που υπέγραψε η Ελλάδα. Κατά τη δικογραφία, επιχειρείται ο εντοπισμός προσώπων που συνδέονται με πράξεις δωροληψίας. Η σύμβαση υπεγράφη το 2003 από τον Γιάννο Παπαντωνίου. Η παραλαβή ξεκίνησε το 2007 όταν υπουργός ήταν ο Σπήλιος Σπηλιωτόπουλος. Η παραγγελία για τα πυρομαχικά των αρμάτων υπεγράφη επί υπουργίας Ευάγγελου Βενιζέλου.
Αμέσως μόλις ανέλαβε υπουργός ο Γιάννος Παπαντωνίου, εγκρίθηκε από το ΚΥΣΕΑ η απευθείας ανάθεση στην εταιρεία «Raytheon» και η προμήθεια συστήματος αυτοπροστασίας 60 μαχητικών F-16. To συνολικό κόστος της σύμβασης έφτασε τα 200 εκατ. δολάρια, ακριβώς τα διπλά, απ’ ό,τι είχε προβλεφθεί.
Η υπόθεση βρίσκεται στον ανακριτή, αφού έχει ασκηθεί ποινική δίωξη σε βαθμό κακουργήματος κατά παντός υπευθύνου.
Ο Γιάννος ελέγχεται για την υπόθεση των γερμανικών υποβρυχίων και ιδιαίτερα για τον εκσυγχρονισμό
τριών εξ αυτών, τύπου 209. Το έργο αυτό είχε αναλάβει πάλι με απευθείας ανάθεση η κοινοπραξία «HDW-FERROSTAAL». Επίσης, ελέγχεται διότι δεν επέβαλε τις ποινικές ρήτρες που απορρέουν από τη σύμβαση με την ελληνική εταιρεία «Sonak ΑΕΒΕ» για την προμήθεια συστημάτων ηλεκτρονικού πολέμου.
Η εταιρεία εισέπραξε ως προκαταβολή το 50% της προμήθειας. Λίγο αργότερα τα συστήματα που προωθούσε απέτυχαν οικτρά σε όλες τις τεχνικές δοκιμές μέχρι και το 2005. Το ελληνικό Δημόσιο σύμφωνα με το Νομικό Συμβούλιο του Κράτους είχε τη δυνατότητα να διεκδικήσει στα διαιτητικά δικαστήρια το ποσό των 593.000.000 ευρώ, πράγμα που δεν έγινε ποτέ.
Επιπροσθέτως και όσον αφορά τον φάκελο των ελικοπτέρων Apache, η έρευνα επεκτείνεται όχι μόνο στον τρόπο πληρωμής της προμήθειας και της ενδεχόμενης κατανομής μιζών σε διάφορα πρόσωπα αλλά και για την ίδια την ποιότητα του υλικού. Πιο συγκεκριμένα από τις πρώτες ώρες παράδοσης των ελικοπτέρων εντοπίστηκαν σοβαρά ελαττώματα, όπως σκουριασμένοι έλικες, αλλά και μικρότερης ισχύος κινητήρες απ’ αυτήν που είχε προσυμφωνηθεί.
