Στο πλαίσιο της προσπάθειας για την αποκατάσταση της διαφάνειας στην οικονομική διαχείριση του δημόσιου και του ευρύτερου δημόσιου τομέα, ο Γιώργος Παπακωνσταντίνου διέταξε 10 διαχειριστικούς ελέγχους σε ΤΕΙ, νοσοκομεία, δημοτικές και άλλες επιχειρήσεις, μεταξύ αυτών και του Δήμου Θεσσαλονίκης.
Επίσης, διατάχθηκαν 25 έρευνες – ΕΔΕ κατά υπαλλήλων οικονομικών υπηρεσιών, τόσο της κεντρικής υπηρεσίας του υπουργείου όσο και περιφερειακών υπηρεσιών, όπως ΔΟΥ, τελωνειακές και κτηματικές υπηρεσίες.
Πρόκειται για διερεύνηση καταγγελιών που αφορούν σε χρηματισμό και παράνομο πλουτισμό, παράτυπους ελέγχους επιχειρήσεων, μη υποβολή εκθέσεων ελέγχου, παραλείψεις σε διαχειριστικούς ελέγχους, παράλειψη άσκησης καθηκόντων και συγκεκριμένα μέτρων προστασίας του αιγιαλού, διεύρυνση ερευνώμενων προσώπων για κύκλωμα παράνομης επιστροφής ΦΠΑ στη Β. Ελλάδα, μη είσπραξη δασμών και λαθρεμπορία κλωστοϋφαντουργικών ειδών από την Κίνα, παράτυπη παράδοση αφορολόγητων καυσίμων, παράνομη απουσία μετακινηθέντος υπαλλήλου, διαρροή προσωπικών δεδομένων, έκδοση πλαστών ΑΦΕ και συνέργεια σε έκδοση πλαστών δηλώσεων ΦΠΑ κλ.π..
Παράλληλα, διατάχθηκαν έλεγχοι περιουσιακής κατάστασης στις περιπτώσεις που συνέτρεχε το στοιχείο του αθέμιτου πλουτισμού. Σημειώνεται, επίσης, η εντολή ελέγχου περιουσιακής κατάστασης και υπαλλήλων που φέρονται στην έρευνα της Εξεταστικής Επιτροπής της Βουλής ως εμπλεκόμενοι στην υπόθεση Siemens.