Το σκάνδαλο των «άγονων γραμμών» φέρνει στο εδώλιο του κατηγορουμένου τον άλλοτε στενό συνεργάτη του Αριστοτέλη Παυλίδη Παναγιώτη Ζαχαρίου. Το «δεξί χέρι» του πρώην υπουργού Αιγαίου παραπέμπεται, με βούλευμα του Συμβουλίου Πλημμελειοδικών, να δικαστεί στο Τριμελές Εφετείο Κακουργημάτων για εκβίαση κατ’ επάγγελμα και συνήθεια κατ’ εξακολούθηση σε βάρος του εφοπλιστή Φώτη Μανούση που κατήγγειλε ότι του ζητήθηκαν χρήματα προκειμένου να πάρει τις «άγονες γραμμές».
Σύμφωνα με τις καταγγελίες του εφοπλιστή, στις 3 Νοεμβρίου του 2006 είχε παραδώσει μετρητά στον κ.Ζαχαρίου στο γραφείο του 100.000 ευρώ και τρείς μέρες αργότερα τρείς επιταγές των 100.000 η καθεμία. Ο κ. Μανούσης είχε αφήσει να διαφανεί πως ο πρώην υπουργός Αιγαίου γνώριζε για τον εκβιασμό. Ωστόσο, ουδέποτε παραπέμφθηκε από τη Βουλή (επί κυβερνήσεως Καραμανλή) ο Αριστοτέλης Παυλίδης να δικαστεί για την υπόθεση αυτή καθώς η κυβερνητική πλειοψηφία αποφάσισε τη μη παραπομπή του.
Οι δικαστές υιοθέτησαν την πρόταση του εισαγγελέα στην οποία μεταξύ άλλων αναφέρεται: «ο κατηγορούμενος ήταν ένα πρόσωπο συνηθισμένο να λειτουργεί με αυτό τον τρόπο , λαμβάνοντας δηλαδή χρήματα από τους εφοπλιστές που συμμετείχαν στα προγράμματα επιδοτούμενων δρομολογίων.
Είναι εμφανές πώς ο κατηγορούμενος χρησιμοποίησε τη θέση την οποία είχε .και σε συνδυασμό με την ελευθερία κινήσεως που είχε εκ μέρους του αρμόδιου υπουργού να ενεργεί για τις υποθέσεις αυτές, δημιούργησε μια υποδομή ικανή να του αποδίδει υψηλά εισοδήματα». Οι αιχμές που είχε αφήσει ο κ. Μανούσης σε βάρος του κ. Παυλίδη είχαν απασχολήσει έντονα τον ανακριτή και ιδιαίτερα ο τρόπος που αποπλήρωσε ο πρώην υπουργός δάνειο για την απόκτηση του ακινήτου της κόρης του. . Στην πρότασή του ο εισαγγελέας αναφέρεται στο σπίτι της κόρης του πρώην υπουργού αλλά και στη συνάντηση που επιδίωξε ο Φ. Μανούσης για να μάθει από τον κ.Παυλίδη «γιατί το υπουργείο μεροληπτούσε υπέρ της εταιρίας της οικογένειας Αγούδημου».
Στη συνάντηση αυτή, κατά την πρόταση ο υπουργός τον παρέπεμψε στον στενό του συνεργάτη Π. Ζαχαρίου και εκείνος φέρεται να του είπε πώς θα βρεθεί λύση «αρκεί να εξασφαλίσουν ο υπουργός και ο ίδιος τα γεράματά τους για να καλυφθούν τα χρέη από το διαμέρισμα που πήρε ο υπουργός στην κόρη του». Σύμφωνα με τον εισαγγελέα, ο κ. Ζαχαρίου απέσπασε συνολικά ποσό 667.000 ευρώ από τον εφοπλιστή «εκβιάζοντας» με αντάλλαγμα τη συμμετοχή του στους διαγωνισμούς των άγονων γραμμών κάτι που ο κατηγορούμενος αρνείται επικαλούμενος την οικονομική του ευρωστία.
Ο εισαγγελέας ωστόσο δεν φάνηκε να πείθεται απ’ τον ισχυρισμό αυτό και επικαλέστηκε έγγραφο της Αρχής για το ξέπλυμα βρώμικου χρήματος για να στηρίξει την άποψή του ότι «υπήρξαν πληρωμές προς το πρόσωπό του από τον ανταγωνιστή του κ. Μανούση, επίσης εφοπλιστή κ. Αγούδημο ύψους 58.000 ευρώ».
