Tο άφαντο για δεκαετίες «ναυάγιο της Φαλκονέρας» εντοπίστηκε προσφάτως – όπως αποκαλύπτει «Το Βήμα της Κυριακής» – σε βάθος 700 μέτρων στα ανοιχτά της Αντιμήλου και σε απόσταση περίπου 20 ναυτικών μιλίων από την τοποθεσία στην οποία θεωρήθηκε αρχικά ότι είχε βυθιστεί. Η αιτία της βύθισης του πλοίου, δε, φαίνεται ότι είναι διαφορετική από αυτήν που είχε αναδειχθεί δικαστικά, γεγονός που ανατρέπει πολλά από τα δεδομένα του τραγικού δυστυχήματος το οποίο είχε τότε συγκλονίσει την κοινή γνώμη.
Το οχηματαγωγό «Ηράκλειον», το οποίο χάθηκε στις 8 Δεκεμβρίου του 1966 παρασύροντας στον βυθό περίπου 280 επιβάτες, δεν φαίνεται να βυθίστηκε κυρίως από τη μετακίνηση ενός προβληματικά δεμένου φορτηγού, όπως θεωρούσαμε μέχρι σήμερα, αλλά από ένα μεγάλο ρήγμα στα ύφαλα του πλοίου που προκλήθηκε πιθανόν από πρόσκρουση σε μικρή βραχονησίδα στη διάρκεια μεγάλης θαλασσοταραχής.
Το εντυπωσιακό αυτό εύρημα προκύπτει από τη μελέτη στα υπολείμματα του πλοίου, κάτι που μόνο σήμερα μπόρεσε να γίνει.
Τα στοιχεία που δίνουν νέες διαστάσεις στην πρωτοφανή ναυτική αυτή τραγωδία πριν από 58 χρόνια στο Μυρτώο Πέλαγος έχουν αρχίσει να συγκεντρώνονται από ομάδα σημαντικών ερευνητών παρόμοιων θαλασσίων ευρημάτων οι οποίοι και έχουν χρησιμοποιήσει τα ηχοεντοπιστικά συστήματα (sonar) και την επονομαζόμενη «διαστασιολόγηση» του ναυαγίου του «Ηράκλειον».
Το συγκεκριμένο πλοίο, το οποίο εκτελούσε την ακτοπλοϊκή συγκοινωνία Πειραιάς – Χανιά και Πειραιάς – Ηράκλειο την περίοδο του 1965-1966, ναυπηγήθηκε το 1949 στη Γλασκώβη ως δεξαμενόπλοιο, είχε μήκος 152 μέτρων και πλάτος 18 μέτρων, που ταυτίζονται με τα ευρήματα στο sonar των ερευνητών στον βυθό της Αντιμήλου. Το 1964, έπειτα από μετασκευή σε φεριμπότ, αποκτήθηκε από την εταιρεία των αδελφών Τυπάλδου. Το «Ηράκλειον» αναχώρησε στις 7.30 μ.μ. της 7ης Δεκεμβρίου 1966 από το λιμάνι της Σούδας με μισή ώρα καθυστέρηση, μεταφέροντας 206 επιβάτες, 70 μέλη του πληρώματος και 17 φορτηγά στον Πειραιά με άνεμο 5-6 μποφόρ, ο οποίος δεν είχε θεωρηθεί απαγορευτικός για τον απόπλου.
Σύμφωνα με τα στοιχεία που είχαν συγκεντρωθεί μέχρι σήμερα, στις δύο τα μεσάνυχτα της Πέμπτης 8 Δεκεμβρίου, καθώς το πλοίο έπλεε 6 μίλια βορειοανατολικά της Φαλκονέρας, ένα μεγάλο φορτηγό-ψυγείο 5 τόνων με φορτίο πορτοκάλια, το οποίο είχε τοποθετηθεί τελευταίο κάθετα, απασφαλίστηκε από τους διαρκείς κλυδωνισμούς και χτύπησε με φόρα στη δεξιά πλευρική μπουκαπόρτα. Όπως προκύπτει από τις ίδιες αναφορές, ο καταπέλτης άνοιξε από τις προσκρούσεις του φορτηγού – ψυγείου, αφού φέρεται – σύμφωνα με τα στοιχεία του φακέλου του ναυαγίου – να μην είχε ασφαλιστεί επαρκώς. Οι άνεμοι που έπνεαν στην περιοχή εκείνη την ώρα ξεπερνούσαν τα 10 μποφόρ.
Ωστόσο όπως επισημαίνεται πλέον με βάση τα τωρινά ευρήματα υπάρχει πλήρης επιβεβαίωση μια πολυσέλιδης έκθεσης επτά πλοιάρχων που είχε συνταχθεί τότε για το δυστύχημα αλλά είχε μπει στα συρτάρια.
Σύμφωνα με την τότε εκτίμηση το «Ηράκλειον» παρεξέκλινε της πορείας του κατά 11 ναυτικά μίλια από το στίγμα που το ίδιο έδωσε προτού βυθιστεί. Επιπλέον προσδιόριζαν ότι ο θόρυβος που ακούστηκε δεν προήλθε από το άνοιγμα της μπουκαπόρτας λόγω της σύγκρουσής της με το ψυγείο αλλά εξαιτίας πρόσκρουσης σε γειτονική βραχονησίδα που είχε ως αποτέλεσμα ένα τεράστιο ρήγμα στα ύφαλα και κατ’ επέκταση στη βύθιση του πλοίου Έτσι δικαιολογείται και η δημιουργία της τεράστιας πετρελαιοκηλίδας αφού προκλήθηκε η ζημιά και στην δεξαμενή των καυσίμων ενώ έτσι εξηγείται και το ότι το φορτηγό – ψυγείο που βρέθηκε δεν είχε εμφανείς ζημιές. Συμπληρώνοντας ότι η πλευρική μπουκαπόρτα του γκαράζ ήταν σχετικά ψηλά και δεν θα μπορούσαν από κει να εισέλθουν μεγάλες ποσότητες νερού που θα οδηγούσαν στην ραγδαία ανατροπή του.
