Στον εισαγγελέα έχει ήδη αποσταλεί ο φάκελος με τα πρώτα πορίσματα των ελέγχων που διενήργησαν κλιμάκια της Υπηρεσίας Εσωτερικών Υποθέσεων του Λιμενικού Σώματος και των ειδικών επιθεωρητών, για τα ελλείμματα που διαπιστώθηκαν σε τέσσερα παραρτήματα του Οίκου Ναύτου και ανέρχονται στο ποσό των 775.000 ευρώ περίπου.
Πρόκειται για τα παραρτήματα της Κορίνθου, των Σπετσών, της Σκάλας Κατερίνης και του Λαυρίου, ενώ για την υπόθεση έχουν τεθεί ήδη σε διαθεσιμότητα, με απόφαση του αρχηγού του Λιμενικού Σώματος Κωνσταντίνου Σούλη, τέσσερις βαθμοφόροι.
Ανώτερες πηγές αναφέρουν ότι στις Σπέτσες, σύμφωνα με το πόρισμα, έχει διαπιστωθεί έλλειμμα 195.750 ευρώ, στο Λαύριο 174.267, στη Σκάλα Κατερίνης 170.000, ενώ διερευνάται επίσης ένα ακόμα ποσό ύψους 140.000 ευρώ. Τέλος στην Κόρινθο έχει διαπιστωθεί ένα έλλειμμα 40.784 ευρώ, ενώ διερευνάται και εκεί ένα άλλο ποσό 45.000 ευρώ, χωρίς να έχει εκδοθεί ακόμα το τελικό πόρισμα. Σύμφωνα με έγκυρες πηγές, τα ελλείμματα διαπιστώθηκαν καθώς τα προηγούμενα χρόνια δεν γίνονταν έλεγχοι των απολογισμών σε κάθε παράρτημα του Οίκου Ναύτου κάθε μήνα, όπως έπρεπε.
Αυτή τη στιγμή ο Οίκος Ναύτου έχει κλείσει τους ισολογισμούς του 2004 και του 2005, ενώ το επόμενο δίμηνο ολοκληρώνεται ο ισολογισμός του 2006 και του 2007 (μέχρι τέλος του χρόνου αναμένεται να έχουν ολοκληρωθεί όλες οι χρήσεις).
Πλέον ο Οίκος Ναύτου διαθέτει σύστημα μηχανοργάνωσης και υπάρχει έλεγχος στα 89 παραρτήματά του, ενώ ο ιατροφαρμακευτικός οργανισμός κάθε μήνα υποβάλλει οικονομικά στοιχεία στο Γενικό Λογιστήριο του κράτους και έχει εφαρμόσει το μητρώο δεσμεύσεων.
Ήδη στον Οίκο Ναύτου έχει αναπτυχθεί μια εφαρμογή προκειμένου να καταχωρίζεται ηλεκτρονικά η κάθε ιατροφαρμακευτική δαπάνη των ναυτικών και μέσω του τραπεζικού λογαριασμού του κάθε ασφαλισμένου, τα χρήματα καταβάλλονται πλέον από την κεντρική υπηρεσία του οργανισμού και όχι από τα παραρτήματα.