Ήταν ένα από τα πιο «βαριά» ονόματα της αποκαλούμενης Greek Mafia… Ο Γιάννης Σκαφτούρος ήξερε ότι οι ανοιχτοί λογαριασμοί που είχε με τον υπόλοιπο «κόσμο της νύχτας» δεν κλείνουν ποτέ. Γι’ αυτό το λόγο, οι πληροφορίες έλεγαν, ότι κυκλοφορούσε ελάχιστα και πάντα με την συνοδεία ενόπλων. Όμως δεν κατάφερε να γλιτώσει ούτε στο «ησυχαστήριο» του στα Σκούρτα Βοιωτίας όπου είχε πάει για τις ημέρες του Πάσχα.
Σε κάθε μεγάλη ποινική υπόθεση, το όνομα του εμπλεκόταν με τον έναν ή τον άλλο τρόπο. Το 2002 ο 55χρονος ήταν από τους πρώτους που φιγουράριζαν στη δικογραφία των 217 ατόμων που είχε σχηματιστεί από το Τμήμα Εκβιαστών και κατηγορούνταν για «προστασίες» νυχτερινών κέντρων αλλά και για συμβόλαια θανάτου. Μια υπόθεση που αν εκείνο το καλοκαίρι δεν είχε εξαρθρωθεί η «17 Νοέμβρη» θα ήταν ίσως η μεγαλύτερη αστυνομική επιχείρηση της 20ετιας.
Τον Σεπτέμβριο του 2007 αστυνομικοί εντόπισαν τον καταζητούμενο Γιάννη Σκαφτούρο στην περιοχή του Ασπροπύργου. Επέβαινε σε ένα πολυτελές τζιπ και οι αστυνομικοί πυροβόλησαν και στη συνέχεια πέταξαν χειροβομβίδες κρότου – λάμψης για να τον ακινητοποιήσουν. Τότε τον θεωρούσαν συμμέτοχο στην απόδραση με ελικόπτερο των Ριτζάι – Παλαιοκώστα από τις φυλακές Κορυδαλλού καθώς φέρεται να παρείχε κατάλυμα στον Αλβανό βαρυποινίτη. Στο αυτοκίνητο του Σκαφτούρου είχε βρεθεί ένα όπλο με δύο γεμιστήρες, μια πλαστή άδεια οδήγησης και 12 χιλιάδες ευρώ.
Τον Ιανουάριο του 2009 το όνομα του Γιάννη Σκαφτούρου ήταν από τα πρώτα στο διαβιβαστικό της Ασφάλειας Αττικής που αφορούσε στην απαγωγή του εφοπλιστή Περικλή Παναγόπουλου μαζί με τον Παναγιώτη Βλαστό, τον Βασίλη Στεφανάκο και άλλους πολλούς. Επίσης, την ίδια χρονιά, είχε κατηγορηθεί ότι ενώ ήταν έγκλειστος των φυλακών είχε δώσει εντολή, μαζί με τον Βλαστό, να δολοφονήσουν στη Νέα Πεντέλη τον Γιώργο Γούσιο, έναν πρόωρα συνταξιοδοτημένο υπάλληλο του Υπουργείου Παιδείας. Οι αστυνομικοί έφτασαν στα ίχνη τους μετά από ανάλυση των κλήσεων που είχε δεχτεί το θύμα στο κινητό του τηλέφωνο. Όπως διαπιστώθηκε, αρκετές από τις κλήσεις προέρχονταν από καρτοκινητό, που εντοπίστηκε στο κελί των δύο κρατουμένων.
Στις αρχές του 2015 ο Σκαφτούρος κατηγορείται για μια ακόμα μεγάλη ποινική υπόθεση. Μαζί με τους Βλαστό – Στεφανάκο και πολλούς άλλους κατηγορήθηκαν ότι εκβίαζαν δικαστές, επιχειρηματίες, ακόμα και τον πρώην γενικό γραμματέα εξοπλισμών του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας Γιάννη Σμπώκο, τοποθετώντας βόμβες στα σπίτια τους προκειμένου να τους πάρουν χρήματα για διάφορες υποθέσεις. Το τέλος της σπείρας ήρθε όταν μια συγγενής του Βλαστού, η γνωστή Λίτσα που έφυγε από την ζωή πριν από μερικούς μήνες, αποφάσισε υπό το καθεστώς φόβου και απειλών να ξεσκεπάσει την δράση της εγκληματικής οργάνωσης και να μιλήσει στις Αρχές.
Τον Γιάννη Σκαφτούρο όμως τον κυνηγούσαν «θεοί και δαίμονες». Ακόμα και μέσα στη φυλακή δεν ήταν ασφαλής. Τον Ιούνιο του 2018 άγνωστος τον μαχαίρωσε μέσα στις φυλακές. Λίγους μήνες αργότερα αποφυλακίστηκε αλλά και πάλι δεν μπόρεσε να κρατηθεί μακριά από την παρανομία. Στις 14 Φεβρουαρίου 2020, την ημέρα των ερωτευμένων, αστυνομικοί της ομάδας ΔΙ.ΑΣ τον εντόπισαν στην περιοχή της Γλυφάδας. Στον έλεγχο που έγινε στο θωρακισμένο αυτοκίνητο που οδηγούσε το «δεξί χέρι» του Βασίλη Στεφανάκου βρέθηκαν δύο πιστόλια, πέντε ασύρματοι, δύο στιλέτα, σφαίρες και ένας αστυνομικός φάρος. Ακριβώς πίσω του ήταν σε άλλο αυτοκίνητο κάποιος φίλος του που ενδεχομένως «φυλούσε τα νώτα» του Σκαφτούρου. Σε βάρος τους σχηματίστηκε δικογραφία για παράβαση του νόμου περί όπλων.
