Ο μητροπολίτης Άνθιμος εμφανίζεται κατηγορηματικά αντίθετος με το ενδεχόμενο ένταξης προγράμματος ισλαμικών σπουδών στη Θεολογική Σχολή του Αριστοτέλειου Πανεπιστήμιου Θεσσαλονίκης.
Μιλώντας στο «Πρακτορείο 104,9 FM» ανέφερε:
«Απαρχής δηλώθηκε και όχι από εμένα προσωπικώς αλλά από κόσμο θεολογικό και μη θεολογικό, ότι εμείς στη Θεσσαλονίκη και στη Θεολογική Σχολή δεν θέλουμε ισλαμικές σπουδές» είπε ο μητροπολίτης Θεσσαλονίκης και αντιπρότεινε να λειτουργήσει το πρόγραμμα ισλαμικών σπουδών σε κάποια σχολή δασκάλων, καθηγητών ή και στην πόλη της Κομοτηνής, λόγω της παρουσίας μουσουλμάνων, λέγοντας χαρακτηριστικά ότι «στη Θεσσαλονίκη δεν μπορεί να υπάρχει τέτοια εκπροσώπηση».
«Έχω λόγους σαν παλαιός παιδαγωγός και ασχολούμενος με τη νεολαία. Νομίζω ότι θα επιβεβαιωθούν αυτά που φοβούμαι διότι θα υπάρξουν στιγμές που τα παιδιά αυτά μπορεί να συγκρουστούν» είπε ο κ. Άνθιμος, ενώ αναφερόμενος σε αυτούς που προτίθενται να προσφύγουν στο Ανώτατο Δικαστήριο είπε ότι έχουν κάθε δικαίωμα να το κάνουν.
Επίσης, ο μητροπολίτης Θεσσαλονίκης δηλώνει αντίθετος στο ενδεχόμενο να συμπεριληφθούν στο μάθημα των θρησκευτικών στα σχολεία και κεφάλαια με τις άλλες μεγάλες θρησκείες ανά τον κόσμο, λέγοντας: «είναι ντροπής πράγματα αυτά, δεν είναι δικαιολογίες» και έκανε λόγο για μιμητισμό.
