Με αύξηση της εκροής του νερού από το φράγμα της λίμνης Κερκίνης αντιμετώπισαν οι αρμόδιοι την αυξημένη πιθανότητα να υπερχειλίσει το φράγμα και να απειληθούν κατοικημένες περιοχές. Ήδη λόγω των έντονων βροχοπτώσεων στην περιοχή είχαν πλημμυρίσει αγροτικές περιοχές κοντά στον Στρυμόνα.
Η Λίμνη Κερκίνη αποτελεί μία ιδιαίτερη περίπτωση υγροτόπου. Δημιουργήθηκε το 1932 με την κατασκευή του φράγματος στον ρου του ποταμού Στρυμόνα στο ύψος του χωριού Λιθότοπος. Αρχικός σκοπός της ήταν η συγκράτηση των πλημμυρικών νερών του Στρυμόνα αλλά αργότερα χρησιμοποιήθηκε και για αποθήκευση νερού για την άρδευση του κάμπου των Σερρών. Στη θέση της προϋπήρχε ένα σύνθετο σύστημα εκτεταμένων και ρηχών υγροτόπων, που τροφοδοτούνταν από τα νερά του ποταμού.
Η Κερκίνη αποτελεί έναν από τους 11 ελληνικούς Υγροτόπους Διεθνούς Σημασίας (της σύμβασης Ραμσάρ) και μία από τις 113 Σημαντικές Περιοχές για τα Πουλιά της Ελλάδας (ΙΒΑ). Καλύπτεται από την ευρωπαϊκή και διεθνή νομοθεσία, όπως η Οδηγία 79/409 της Ευρωπαϊκής Ένωσης και η Διεθνής Σύμβαση της Βαρκελώνης. Επίσης αποτελεί περιοχή του Ευρωπαϊκού Δικτύου «Φύση 2000» σύμφωνα με την Οδηγία 92/43/ΕΟΚ. Το 1993 υπογράφηκε η Κοινή Υπουργική Απόφαση 66272/93 για την οριοθέτηση του υγροτόπου, η οποία προσδιορίζει τις ζώνες προστασίας του και ρυθμίζει τις δραστηριότητες αυτές. Παράλληλα, νομαρχιακές αποφάσεις ρυθμίζουν το κυνήγι, και την αλιεία κατά την περίοδο αναπαραγωγής, και τις υλοτομίες.
Τo κυριότερα πρόβλημα της Κερκίνης, όπως και όλων των υγροβιότοπων, είναι η λανθασμένη διαχείριση των υδάτινων αποθεμάτων τους.
