Ο Πέπου Ερνάντεθ ανέλαβε κι επίσημα την τεχνική ηγεσία της Μπανταλόνα, αντικαθιστώντας τον Σίτο Αλόνσο, ο οποίος είδε την πόρτα της εξόδου, μετά τη συντριβή (84-54) του ισπανικού συλλόγου από τον Άρη στο EuroCup.
Ο 52χρονος προπονητής υπέγραψε συμβόλαιο με τη Μπανταλόνα έως το 2012.
Ο νέος τεχνικός του ισπανικού συλλόγου, ο οποίος οδήγησε τους «φούριας ρόχας» στην κατάκτηση του χρυσού μεταλλίου στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα του 2006 και του ασημένιου στο Ευρωμπάσκετ του 2007, απομακρύνθηκε από την Εθνική Ισπανίας το 2008.
Σε επίπεδο συλλόγων, το όνομά του έχει ταυτιστεί με την Εστουντιάντες, στην οποία άρχισε την προπονητική καριέρα του το 1974, αναλαμβάνοντας τις μικρότερες ομάδες του συλλόγου.
Το 1990 ανέλαβε βοηθός προπονητή στην πρώτη ομάδα, όπου έμεινε μέχρι το 1994, όταν χρίστηκε πρώτος προπονητής. Με την Εστουντιάντες κατέκτησε το ισπανικό κύπελλο το 2000, ενώ τη σεζόν 2003-04 αναδείχθηκε κορυφαίος προπονητής της χρονιάς στην Ισπανία.
