Λίγο μετά το «διαζύγιό» του με τον ΟΦΗ, ο Γιάννης Μπουζούκης φαίνεται πως βρήκε άμεσα τον επόμενο «σταθμό» της καριέρας του, καθώς είναι έτοιμος να ολοκληρώσει τη μεταγραφή του στον Παναιτωλικό.
Ο 24χρονος άλλοτε μέσος του Παναθηναϊκού βρίσκεται ήδη στο Αγρίνιο και μέσα στο επόμενο 24ωρο αναμένεται να ολοκληρώσει τη μετακίνησή του στους «κυανοκίτρινους».
Ο Μπουζούκης έκανε τα πρώτα ποδοσφαιρικά του βήματα στην ακαδημία «Αθλόπολις» της Πρέβεζας, η οποία εκείνο το διάστημα ήταν συνεργαζόμενη με τον Παναθηναϊκό και υπό τη σκέπη της GFD (Green Football Development που εξελίχθηκε σε «PAO Soccer Schools»). Τον Αύγουστο του 2012 άρχισε να αγωνίζεται στις ακαδημίες του Παναθηναϊκού.
Το πρώτο του επαγγελματικό συμβόλαιο με την ομάδα το υπέγραψε στις 24 Αυγούστου 2016, ενώ το επίσημο ντεμπούτο του με την πρώτη ομάδα του Παναθηναϊκού πραγματοποιήθηκε στις 24 Οκτωβρίου του 2017, στη νικηφόρα εκτός έδρας αναμέτρηση με την Αναγέννηση Καρδίτσας για τους ομίλους του κυπέλλου Ελλάδος που έληξε 1-2.
Στις 26 Αυγούστου του 2018 σημείωσε το πρώτο του γκολ στη Super League, στη νικηφόρα εκτός έδρας αναμέτρηση με την Ξάνθη (1-0) για την πρεμιέρα του ελληνικού πρωταθλήματος.
