Σε δύο ομίλους, με πλέι-οφ και πλέι-άουτ, θα διεξαχθεί το πρωτάθλημα της Football League για την περίοδο 2020-21, όπως αποφασίστηκε στη σημερινή (22/10) τηλεδιάσκεψη της διοργανώτριας αρχής. Οι 20 ομάδες της τρίτης τη τάξει κατηγορίας χωρίστηκαν σε δύο ομίλους με γεωγραφικά κριτήρια (Ολυμπιακός και Νίκη Βόλου μοιράστηκαν στους δύο ομίλους κατόπιν κλήρωσης), ως εξής:
ΒΟΡΕΙΟΣ ΟΜΙΛΟΣ
ΑΕΠ Κοζάνης
Αλμωπός Αριδαίας
Απόλλων Πόντου
ΝΠΣ Βέροια
Θεσπρωτός Ηγουμενίτσας
Καβάλα
Ολυμπιακός Βόλου
Πανσερραϊκός
Πιερικός
Τρίγλια
ΝΟΤΙΟΣ ΟΜΙΛΟΣ
Αιγάλεω
Αστέρας Βλαχιώτη
Ενωση Πανασπροπυργιακού
Επισκοπή
Ιάλυσος
Καλαμάτα
Καλλιθέα
Νίκη Βόλου
Ρόδος
Σαντορίνη
Μετά την ολοκλήρωση της κανονικής περιόδου (18 αγωνιστικές), οι πρώτες τέσσερις ομάδες από κάθε όμιλο μπαίνουν στα πλέι-οφ, μεταφέροντας τους βαθμούς που έχουν συγκεντρώσει. Αγωνίζονται μεταξύ τους σε έξι αγωνιστικές και οι πρώτες δύο από κάθε όμιλο (σύνολο τέσσερις) εξασφαλίζουν την άνοδο στη Super League 2.
Αντίστοιχα, οι υπόλοιπες ομάδες (θέσεις 5-10) θα αγωνιστούν σε πλέι άουτ με εντός και εκτός έδρας αγώνες σε δέκα αγωνιστικές –επίσης διατηρώντας τη βαθμολογία της κανονικής διάρκειας. Οι ομάδες που θα τερματίσουν στις 9η και 10η θέση κάθε ομίλου (σύνολο τέσσερις) θα υποβιβαστούν στην Γ΄ Εθνική κατηγορία.
