Λίγη ώρα μετά την κλήρωση των ομίλων του Europa League, στη διάρκεια της οποίας ο Ολυμπιακός, ο Παναθηναϊκός και ο ΠΑΟΚ έμαθαν τους αντιπάλους τους, ανακοινώθηκε και το πρόγραμμα των ελληνικών ομάδων στη διοργάνωση.
To πρόγραμμα του Ολυμπιακού:
1η αγωνιστική:
Γιουνγκ Μπόις-Ολυμπιακός (15/9, 20:00)
2η αγωνιστική:
Ολυμπιακός-ΑΠΟΕΛ (29/9, 22:05)
3η αγωνιστική:
Ολυμπιακός-Αστάνα (20/10, 22:05)
4η αγωνιστική:
Αστάνα-Ολυμπιακός (3/11, 20:00)
5η αγωνιστική:
Ολυμπιακός-Γιουνγκ Μπόις (24/11, 22:05)
6η αγωνιστική
ΑΠΟΕΛ-Ολυμπιακός (8/12, 20:00)
Το πρόγραμμα του Παναθηναϊκού:
1η αγωνιστική (15/09/2016)
Παναθηναϊκός-Άγιαξ
2η αγωνιστική (29/09/2016)
Θέλτα Βίγκο-Παναθηναϊκός
3η αγωνιστική (20/10/2016)
Σταντάρ Λιέγης-Παναθηναϊκός
4η αγωνιστική (03/11/2016)
Παναθηναϊκός-Σταντάρ Λιέγης
5η αγωνιστική (24/11/2016)
Άγιαξ-Παναθηναϊκός
6η αγωνιστική (08/12/2016)
Παναθηναϊκός-Θέλτα Βίγκο
Το πρόγραμμα του ΠΑΟΚ:
1η αγωνιστική (15/09/2016)
ΠΑΟΚ-Φιορεντίνα
2η αγωνιστική (29/9/2016)
Λίμπερετς-ΠΑΟΚ
3η αγωνιστική (20/10/2016)
Καραμπάγκ-ΠΑΟΚ
4η αγωνιστική (03/11/2016):
ΠΑΟΚ-Καραμπάγκ
5η αγωνιστική (24/11/2016)
Φιορεντίνα-ΠΑΟΚ
6η αγωνιστική (08/12/2016):
ΠΑΟΚ-Λίμπερετς