Αναλυτικά στοιχεία για την πορεία του αεροσκάφους της EgyptAir, όπως καταγράφηκε από τις αρμόδιες ελεγκτικές αρχές εναέριας κυκλοφορίας, παρείχε η Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας.
Σύμφωνα με τη σχετική ανακοίνωση:
-Η πτήση MSR 804, A320 των αιγυπτιακών αερογραμμών, που εκτελούσε το δρομολόγιο Παρίσι – Κάιρο εισήλθε στο FIR Αθηνών στις 02.24 π.μ. τοπική ώρα. Αναγνωρίσθηκε και εξουσιοδοτήθηκε από τον αρμόδιο ελεγκτή εναερίου κυκλοφορίας για την πορεία της πτήσης του.
-Στις 02.48 π.μ. μεταβιβάζεται στον επόμενο τομέα Ελέγχου και εξουσιοδοτείται από τον αρμόδιο ελεγκτή, για το σημείο εξόδου από το FIR Αθηνών. Ο πιλότος ήταν ευδιάθετος και ευχαρίστησε στα ελληνικά.
-Στις 03.27 π.μ. το Κέντρο Ελέγχου Περιοχής Αθηνών προσπάθησε να επικοινωνήσει με το αεροσκάφος για μεταβίβαση επικοινωνίας και ελέγχου από το FIR Αθηνών στο FIR Καΐρου.
-Παρά τις επανειλημμένες κλήσεις το αεροσκάφος δεν ανταποκρίθηκε, οπότε ο ελεγκτής εναερίου κυκλοφορίας κάλεσε στη συχνότητα κινδύνου χωρίς απόκριση από την πλευρά του αεροσκάφους.
-Στις 03.29 βρίσκεται πάνω στο σημείο εξόδου.
-Στις 03:29:40 π.μ. χάνεται το στίγμα του αεροσκάφους από το ραντάρ περίπου 7 ναυτικά μίλια νότια/νοτιοανατολικά από το σημείο ΚUMBI, εντός του FIR Καΐρου.
-Άμεσα ζητήθηκε η συνδρομή των ραντάρ της Πολεμικής Αεροπορίας για πιθανό εντοπισμό στόχου, χωρίς αποτέλεσμα.
-Στις 03.45 π.μ. ενεργοποιήθηκαν οι διαδικασίες έρευνας και διάσωσης μέσω ΕΚΣΕΔ, ΕΚΑΕ και ΚΕΝΑ, με παράλληλη ενημέρωση του Κέντρου Ελέγχου Περιοχής Καΐρου.