Μετά τις καταστροφικές πυρκαγιές του 2007 ορατός είναι ο κίνδυνος για τον αρχαιολογικό χώρο της Ολυμπίας από τις υπερχειλίσεις του Αλφειού. Με στόχο την προστασία των μνημείων τόσο από τα νερά όσο και τα φερτά υλικά του ποταμού αλλά και τη θωράκιση της ευρύτερης περιοχής, η περιφέρεια Δυτικής Ελλάδος δρομολογεί αντιπλημμυρικά έργα που περιλαμβάνουν, μεταξύ άλλων, την αποκατάσταση των υφισταμένων αναχωμάτων και τη δημιουργία νέων. Παράλληλα θα οριοθετηθεί και θα δημοσιευτεί σε ΦΕΚ η ευρεία παραποτάμια ζώνη «γιατί σήμερα», όπως σημειώνουν οι μελετητές, «μεγάλες εκτάσεις εντός και εκτός των αναχωμάτων καταπατείται.»Τη Δικαιοσύνη έχουν απασχολήσει επίσης οι παράνομες αμμοχαλικοληψίες στις κοίτες του ποταμού.
Η προκαταρκτική προμελέτη περιβαλλοντικών επιπτώσεων του έργου, που αφορά την οριοθέτηση της κοίτης του Αλφειού σε μήκος 10 χιλιομέτρων, από τη θέση του φράγματος Φλόκα, εγκρίθηκε ομόφωνα από το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο. Στην περιοχή που οριοθετούνται τα έργα η κοίτη του ποταμού αποτελεί κοινό όριο ανάμεσα στο δήμο αρχαίας Ολυμπίας (βόρεια πλευρά) και το δήμο Σκιλλούντος (νοτίως).
Αξίζει να σημειωθεί πως ο Αλφειός, με ενεργή κοίτη πλάτους 30-40 μέτρων, είναι κηρυγμένος ως αρχαιολογικός χώρος με δύο κηρύξεις (το 1985 και το 2002). Μεγάλο τμήμα του βρίσκεται στα όρια της Ζώνης Α΄ του αρχαιολογικού χώρου. «Ο Αλφειός κατεβάζει πολύ ιλύ αλλά και αρχαιότητες», σημείωσε κατά τη συνεδρίαση η γενική γραμματέας του ΥΠΠΟ και προεδρεύουσα του Συμβουλίου κυρία Λίνα Μενδώνη. Πρόσθεσε, μάλιστα, πως ένα μεγάλο τμήμα της συλλογής των Χάλκινων του μουσείου έχει βρεθεί στο ποτάμι. Επομένως όλες οι εργασίες θα πραγματοποιηθούν με την επίβλεψη της αρχαιολογικής υπηρεσίας.
Το φράγμα Φλόκα δημιουργήθηκε το 1965 με στόχο την άρδευση 135.000 στρεμμάτων αγροτικής γης. Από το 1970 ο Αλφειός υπερχειλίζει συνεχώς. Με υδάτινο όγκο που αγγίζει τα 1500-1800 κυβικά μέτρα το δευτερόλεπτο δημιουργεί πλημμυρική ζώνη, πλάτους 1 χιλιομέτρου. Προκειμένου να θωρακιστεί το Ιερό του Διός από τις πλημμύρες, ιδιαίτερα μετά τις καταστροφικές πυρκαγιές, δημιουργήθηκαν το 2007 προσωρινά αναχώματα, με συρματοκιβώτια, νότια του αρχαιολογικού χώρου, ωστόσο «σημαντικές ποσότητες νερού βγαίνουν έξω από αυτά.»
Από το 2008 η Περιφέρεια κατέθεσε τρεις προτάσεις για την κατασκευή αντιπλημμυρικών έργων οι οποίες χαρακτηρίστηκαν μαξιμαλιστικές. Η μελέτη στην οποία το ΚΑΣ άναψε το πράσινο φως περιλαμβάνει την εκβάθυνση της κοίτης του ποταμού κατά 1-1,5 μ., την αποκατάσταση των υφιστάμενων αναχωμάτων και τη δημιουργία νέων, νοτίως του ποταμού. Παράλληλα θα εξεταστεί η αναγκαιότητα για τον καθαρισμό των φερτών υλικών εκτός της ενεργούς κοίτης και ο καθορισμός της θέσης που θα απορρίπτονται.
